O coberto vegetal e a fauna de Aljustrel não diferem muito da região envolvente: um relevo ligeiramente ondulado de campos nus e pouco arborizados são a marca desta paisagem. As árvores predominantes são a azinheira e a oliveira: a primeira geralmente formando montados muito abertos e a segunda em plantações mais fechadas e organizadas.

Nos terrenos incultos ou de pousio a vegetação herbácea predomina, onde os gados pastam e as abelhas zubem. São estes espaços que formam as lindíssimas manchas amarelas, roxas ou brancas da Primavera. É nestas paisagens que podemos encontrar mamíferos como o coelho, a lebre ou a raposa. Mas também uma vasta população de passeriformes. Ou animais mais emblemáticos como o javali, cegonha e algumas aves de rapina. Alguns destes animais acolhem-se durante o dia nos matos como refúgio.

Uma faixa sul do concelho de Aljustrel é abrangida pela Zona de Protecção Especial de Castro Verde. É a chamada Estepe Cerealífera, uma paisagem humanizada com um menor coberto arbóreo. Aqui se podem observar aves como a abetarda, o sisão ou o rolieiro.

Outra paisagem radicalmente diferente e a que corresponde uma diferente biodiversidade é a zona mineira: com vegetação quase inexistente há, por exemplo, morcegos que se refugiam nas galerias e fendas das rochas, o peneireiro que faz o seu ninho nas paredes das pedreiras ou o abelharuco nas barreiras e taludes.